Primárním cílem budování vysokorychlostních tratí je kapacitní a rychlé propojení Česka s okolními zeměmi a především západní Evropou, kam dosud nevedou ani železniční koridory. Nově byl naplánován obtížný úsek mezi Prahou a Brnem. Ten by měl nabídnout spojení obou metropolí za hodinu vlaky nejvyšší vrstvy, nová vysokorychlostní trať (VRT) ale poslouží i vlakům nižších vrstev, které nevyužijí plánovanou cestovní rychlost 320 km/h a třeba ani nepojedou po celé trase. Navazovat bude spojení Brna s Ostravou, tam ale zatím definitivní trasa stanovena nebyla. Po jejím dokončení bude cesta z Prahy do Ostravy trvat hodinu a půl, pokračovat bude spojení do Polska a pak bude hotová nejdůležitější trasa, označená RS1. Navazovat bude RS2, spojující Brno s Břeclaví s přípoji do Bratislavy a Vídně. Ta jako jediná bude sledovat směr současné, směrově optimální železniční tratě.
Další úseky jsou zatím v procesu výběru optimální trasy. RS3 propojí Prahu s Plzní, Domažlicemi a Bavorskem, RS4 Prahu s Ústím nad Labem v nové stopě a následně se Saskem skrz dlouhý Krušnohorský tunel s odbočkou na Louny a Most, RS5 potom Prahu s Hradcem Králové a polskou Vratislaví s větví do Pardubic. V současnosti probíhá intenzivní projektová a legislativní příprava, ještě v aktuální dekádě by se mělo začít stavět a podle současných odhadů by mělo být hotovo v roce 2050. Projekt spolufinancuje Evropská unie.
Spojení Prahy a Brna počítá v Praze se stávajícím hlavním nádražím, v Brně pak s novým, odsunutým hlavním nádražím přes nový terminál Brno Vídeňská VRT. Samotný úsek VRT Praha jako souběh RS1 a RS5 začíná za stanicí Praha-Vršovice a počítá se na něm s nejvyšší rychlostí 270 km/h. Součástí je i spojka ze stanice Praha-Libeň, která za tím účelem projde rekonstrukcí včetně přidání čtvrté koleje do Běchovic, která bude zároveň nájezdem na VRT, a vybudování Libeňského přesmyku, tedy bezkonfliktního, mimoúrovňového spojení libeňského seřaďovacího nádraží a Prahy-Malešic.
V Běchovicích začíná další úsek VRT Polabí, který nadjede stávající I. koridor, širokým obloukem se přiblíží k dálnici D11 a u Nehvizd vznikne přestupní terminál VRT Praha-východ. Pak se trasa opět začne stáčet k jihu a u Poříčan bude následovat nejsložitější rozplet. Směrem na východ bude pokračovat VRT Polabí a RS5 směrem na Hradec Králové se sjezdy do Poříčan a Nymburka, RS1 se však odpojí, stočí se k jihovýchodu a jako 62 km dlouhý úsek VRT Střední Čechy v nové trase do mezilehlé stanice Kořenice-Bečváry na jih od stávající tratě 250. K ní se potom přiblíží a u Světlé nad Sázavou bude následovat sjezd do této stanice. V obou jmenovaných úsecích bude nejvyšší provozní rychlost 320 km/h, nejvyšší konstrukční rychlost pak 350 km/h. Pro soupravy tažené lokomotivou se počítá s tempem 200–230 km/h.
Následuje úsek Vysočina II přes stejnojmennou pahorkatinu ze Světlé nad Sázavou do Velké Bíteše, který měří 83 km a jižně míjí Havlíčkův Brod a Žďár nad Sázavou. Bude obsahovat mezilehlou stanici Jihlava VRT s odbočkou do Jihlavy město. Povolené rychlosti zde budou stejné, jako v předchozím případě, součástí stavby bude 50 mostů a estakád plus pět tunelů, z toho tři v uzlu Jihlava. Finální vysokorychlostní úsek Vysočina I povede z Velké Bíteše do Brna, dlouhý 33 km. Součástí projektu je rekonstrukce stanice Osová Bítýška. Tento úsek je naplánován už podrobně, proto víme, že na něm vznikne 30 mostů a estakád, pět tunelů, šest nadjezdů a tři ekodukty. Součástí bude sjezd na Velkou Bíteš se stejnojmennou mezilehlou stanicí.
A konečně průjezd Brnem, který je veden jako samostatný úsek, ale nepůjde o VRT, jen rekonstrukci stávajících stanic a spojek v délce 34,3 km, které ovšem budou navazovat i na jiné trasy, než RS1. Zde se bude jezdit osmdesátkou a součástí bude rekonstrukce stanic Židenice, Černovice a novostavba hlavního nádraží.
